在1966年，上級對北京衛(wèi)戍區(qū)進(jìn)行了大規(guī)模的擴(kuò)編，正式將其從正軍級單位提升至正兵團(tuán)級單位。這一變化意味著該單位的重要性被進(jìn)一步強(qiáng)化，其司令員由當(dāng)時北京軍區(qū)的副司令傅崇碧擔(dān)任。他的任命顯示了衛(wèi)戍區(qū)這一機(jī)構(gòu)在國家安全體系中的關(guān)鍵地位，負(fù)責(zé)保衛(wèi)中央首長及駐京各大單位。衛(wèi)戍區(qū)結(jié)構(gòu)龐大，下轄四個師，每個師又分為六個團(tuán)。這一組織結(jié)構(gòu)不僅意味著相對于普通師的規(guī)模而言，每個師的兵力相當(dāng)于兩個普通師，而四個師的合計兵力則相當(dāng)于八個普通師。按照軍隊在戰(zhàn)爭時期的編制理念，這相當(dāng)于一個完整的兵團(tuán)，兵員在巔峰時甚至達(dá)到了十萬以上。
當(dāng)時，上級對衛(wèi)戍區(qū)的職責(zé)不僅限于保護(hù)中央政府的安全，甚至還要求其承擔(dān)起維護(hù)首都北京的穩(wěn)定性的任務(wù)。這使得衛(wèi)戍區(qū)的管理和指揮結(jié)構(gòu)顯得極為復(fù)雜，它絕不是一個普通的軍事單位。為了提升其職能，衛(wèi)戍區(qū)安排了一名司令，同時政委的人數(shù)則由三位增至五位。首位政委是副總理兼公安部長，而第二位政委則由北京市委的第一書記兼任。他們雖然不參與衛(wèi)戍區(qū)的日常工作，但這樣的安排體現(xiàn)了地方與中央的密切合作。這種習(xí)慣不僅在衛(wèi)戍區(qū)中普遍存在，也在各大軍區(qū)得到延續(xù)。例如，蘭州軍區(qū)的第一政委由地方省委第一書記汪鋒擔(dān)任，而冼恒漢則負(fù)責(zé)軍委的日常工作；福州軍區(qū)的第一政委是葉飛，日常事務(wù)則由劉培善管轄；沈陽軍區(qū)第一政委宋任窮，日常工作的負(fù)責(zé)則是賴傳珠和曾紹山。
在這種背景下，上級特別要求傅崇碧推薦一位政委來協(xié)助日常工作，他選擇了老搭檔黃作珍。兩人早在1956年時就已相識，當(dāng)時傅崇碧擔(dān)任石家莊警備區(qū)的司令，而黃作珍則是該區(qū)的政委。隨著衛(wèi)戍區(qū)的工作量逐漸增加，黃作珍一個人難以應(yīng)對，遂又新增了兩位政委：劉紹文和劉福。傅崇碧曾感慨地表示，衛(wèi)戍區(qū)接收到的中央文件數(shù)量甚至多于軍區(qū)，顯示出其繁重的工作壓力。
盡管衛(wèi)戍區(qū)隸屬于北京軍區(qū)，但其實際運作卻是由中央和總參進(jìn)行直接指揮，許多事務(wù)根本不需經(jīng)過軍區(qū)的批準(zhǔn)。他們更多地是聽從中央和總參的命令，因此在具體實施任務(wù)時，可以說是直接鏈接著國家的核心決策層級。衛(wèi)戍區(qū)的地位顯著提升，其司令員的政治地位也愈加突出，每當(dāng)中央召開會議，大軍區(qū)的司令員和政委、省級黨委的書記都會一同列席，而他也被允許出席，體現(xiàn)了其在政治層面上的重要性。
雖說衛(wèi)戍區(qū)司令員的級別并不算太高，但在許多方面的權(quán)限卻可與大軍區(qū)的主官相媲美，甚至在某些情境中，其權(quán)限還超過了他們。衛(wèi)戍區(qū)的干部調(diào)動均需通過總政部，直接向總理和葉帥報告。相對而言，正師以上干部的任免由總政部干部部負(fù)責(zé)，實際上這雖然使得衛(wèi)戍區(qū)在干部調(diào)動上受到一定的限制，但這種制度確保了中央對其的直接管控。
在這十年的特殊時期，衛(wèi)戍區(qū)可以說是迎來了自己的輝煌時期。雖在1977年之后，衛(wèi)戍區(qū)的級別雖依舊為兵團(tuán)級，但其影響力與之前已不可同日而語。進(jìn)入1980年代，該單位被縮編至正軍級，恢復(fù)至1950年代的級別，這一變化也標(biāo)志著其輝煌時代的結(jié)束。
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